蛋白质代谢也叫氨基酸代谢，它包括为蛋白质的合成代谢以及蛋白质的分解代谢。实际上，人体每天会消耗大量人体自身 的蛋白质，主要指的是激素、酶、抗体、肌肉细胞的更替，这就需要蛋白质的能够及时的补充，不一样的是，肌肉的蛋白在正常情况下是不会消耗掉的。
如果蛋白质过量不仅能合成蛋白质，还合成糖和脂肪，这指的是合成代谢。蛋白质食物分解代谢、人体细胞蛋白质的代谢、人体尿素的生成这三种情形指的是蛋白质的分解代谢。合成糖和脂肪，分解蛋白质都属于蛋白质的能量代谢。人体只有 十分饥饿的时候才会进行人体自身细胞的蛋白质代谢，根据人体能量代谢的顺序， 也只有十分饥饿的时候单独吃蛋白质才会分解食物蛋白质，此时会将蛋白质直接分解为能量、水和二氧化碳，如果在十分饥饿的情况下同时吃碳水 、脂肪和蛋白质，并且碳水供应充足才会优先将碳水作为能量代谢。
蛋白质可以代谢（合成）为糖和脂肪，代谢的场所为肝脏，氨基酸进入肝脏会被转化合成为糖和脂肪。说到这里，我把糖、脂肪、蛋白质三者的转换关系介绍一下。糖也可以转化为非必需氨基酸，但转化不成必需氨基酸，因此糖代谢为蛋白质的作用是很局限的 。脂肪不能转化为蛋白质和糖。糖能合称为脂肪和部分蛋白质。脂肪代谢是不可逆的，但是脂肪代谢的能量确会释放较多的热量。也因为这样，在日常补充食物的时候，正常的人体是先吃蔬 菜后吃肉，这样才能保证营养的充分供应，保证纤维素的作用。同时，脂肪代谢会产生大量的丙酮物质，会引起丙酮中毒，因此脂肪代谢应该有计划的进行。